Googleサーチコンソールでは、エクスポートできるクエリは1,000件までになっています。クエリが1,000を超えると、クリック順で取得したリストと順位順で取得したリストに違いが出ます。このため、サイトのクエリー全体を取得・分析するには、なんらかの分割・結合が必要となり、非常に手間が掛かるため面倒です。